Trước đây, thị trấn Nhà Bè là huyện lỵ huyện Nhà Bè, được thành lập vào ngày 17 tháng 7 năm 1986 trên cơ sở tách 430 ha diện tích tự nhiên và 5.001 người của xã Phú Mỹ, 423 ha diện tích tự nhiên và 10.948 người của xã Phú Xuân.[1]

Sau khi thành lập, thị trấn Nhà Bè có 853 ha diện tích tự nhiên và 15.949 người.

Ngày 6 tháng 1 năm 1997, Chính phủ ban hành Nghị định số 03-CP[4]. Theo đó, điều chỉnh một phần diện tích và dân số của thị trấn Nhà Bè về Quận 7 mới thành lập.

Sau khi điều chỉnh, thị trấn Nhà Bè có địa giới hành chính như hiện nay nhưng không còn là huyện lỵ. Huyện lỵ mới của huyện Nhà Bè đặt tại xã Phú Xuân.